Huyện này trước đây có tên là Amphoe Ratchakhrue (ราชคฤห์) do nó nằm ở gần chùa (wat) có cùng tên. Nó đã được đổi tên thành Amphoe Bang Yi Ruea ngày 11 tháng 7 năm 1916 (do vị trí của văn phòng huyện mới), và cuối cùng là thành tên Thon Buri ngày 17 tháng 4 năm 1939[1]. Huyện này sau đó thuộc tỉnh Thon Buri. Tháng 12 năm 1971, tỉnh này được nhập vào Bangkok để tạo thành vùng đô thị Bangkok.